Монолитные образцы для ПЭМ представляют собой диск диаметром 3 мм с отверстием посередине, на краях которого и будет проходить исследование.
Пробоподготовка для ПЭМ включает вырезку образцов, утонение их до 100 мкм, формирование в ней по центру углубления с помощью димпл-гриндера и дальнейшее получение отверстия с помощью ионного утонения. Второй вариант подготовки заключается в электролитическом травлении с получением отверстия после утонения заготовки до 100 мкм.